時は戦国時代。先祖代々ヒラ忍者の家系に生まれた乱太郎は、エリート忍者をめざして忍者の学校「忍術学園」に入学。ここでは追試や補習ばかりだけど、忍者のたまご、略して「忍たま」になった乱太郎は「一年は組」のみんなといっしょに力を合わせてがんばっているのだ。