数百万年にわたる大戦の果てに荒廃し果てたサイバートロン星は、マトリクスの奇跡によって再生を果たした。トランスフォーマー同士の長き大戦はここに終わりを告げたが、オートボット、ディセプティコン、中立派“ネイルズ”の三派の思惑が入り乱れ、サイバートロンの舵取りを任されたバンブルビーにとっては、苦悩の日々が続いていた。そんな中、エアリアルボットらが消息を絶つ事件が発生。ダイノボット部隊とスカイリンクスを率いたアイアンハイドが捜索に向かうが、事態はさらに混迷の度合いを深めていく。オライオン・パックスも登場するシリーズ第2弾!