時は幕末、地球人と宇宙人・天人が共に暮らす江戸・かぶき町。仕事がなく金欠の「万事屋」メンバー=銀時、新八、神楽は、キャバクラに床屋とバイトを始めるが行く先々で将軍・徳川茂茂に出くわしてしまい、打ち首覚悟で接待する羽目に―。その頃、真選組始まって以来の大事件が勃発!局長・近藤勲の暗殺計画が企てられ、副長・土方は第2の人格=ヘタレオタク“トッシー”に体を乗っ取られ真選組を追われてしまう。犬猿の仲の銀時に頭を下げて助けを求める土方だが、裏では、銀時の因縁の相手・高杉率いる鬼兵隊が将軍・徳川茂茂の命を狙い、幕府の転覆を企んでいた。果たして銀時は、江戸の町を守れるのか―!?