キョート共和国、アッパーガイオンにあるカチグミ企業、
コケシ・マニュファクトリの社長室で繰り広げられる暗黒武道ピストルカラテの達人同士のイクサ！
片や逆恨みめいた妄執で己の父をも狙うガンスリンガーことコケシ・ソイチ。
片や助手が殺された事件の真相を追う中で、ニンジャとなった探偵、タカギ・ガンドー。
二忍とも一歩も引かないそのイクサは、まさに互角！
だがその時、ガンドーの銃が不吉な音を立てる。それはそれは死神の囁きめいた不発の音！
ブッダ！ガンドーはガンスリンガーの凶弾に逝ってしまうのか？？
そして新章開幕！
ネオサイタマ、ネオカブキチョにあるバー「絵馴染」にてひと時の休息をしていたニンジャスレイヤーに一本の電話かかってくる。
その大宇宙の彼方から聞こえてくるような声が告げるのは、
大恩ある師、ドラゴン・ゲンドーソーが孫娘、ユカノに関することだった。
ザイバツ、アマクダリ、暗黒メガコーポ、イッキ・ウチコワシ、そしてニンジャスレイヤー……。
ユカノを巡る大イクサが今始まる！！