超弩級豪華客船グランド・オモシロイを舞台にスズキ・キヨシによる怪盗ショーが始まった。
立ち込める白煙の中、ガンドーは推理と爆発的行動力で怪盗を追い詰め、ついに現行犯で捕まえることに成功する。
報酬を手にシキベのところへ向かったガンドーだったが、彼を迎えたのは凶弾に倒れたシキベだった。

次にガンドーが目を覚ますとそこは病院。
目覚めたばかりのガンドーの前に置かれた小さなバイオニューロンチップ。
それにシキベの記憶があることを聞かされたガンドーだったが、
同時に今の技術ではどうしようもできないことを聞かされ絶望するのだった。

シキベの死から数年ーー。ガンドーは、未だあの事件を調べ推理していた。
そんなところにニンジャスレイヤーが現れ、報酬目当てでニンジャスレイヤーを助け始めたガンドー。
何度か大きなヤマを共に越える内に、二人の間には確かな友情が生まれていた。

そんな折、自分がかつて捕まえたスズキ・キヨシことコケシ・ソイチの刑務所脱走を知る。
ソイチの脱走直後から始まったシキベ・タカコの死を模した連続猟奇事件。
これに気づかぬガンドーではなく、誘いと知りつつ次の犯行現場と推理したところへガンドーは一人乗り込んだ。
囚われた女性を助けるべく、群がるクローンヤクザを暗黒武道ピストルカラテで一掃するガンドー。
そんなガンドーの前にガンスリンガーと名乗るニンジャが現れた。
このニンジャこそガンドーへの復讐に燃えるコケシ・ソイチ。
警戒しピストルカラテの構えをとるガンドーだったが、ソイチも鏡合わせのように同じ構えをとる。
同じカラテを使うモータルとニンジャの絶望的なイクサが始まった！！