ニンジャスレイヤーとダークドメインのイクサ、その趨勢はダークドメインに傾きつつあった。
ニンジャスレイヤー目掛け振り下ろされるカイシャクのアンタイ大剣。
ニンジャスレイヤーも最早ここまで！　と誰もが思った時、スリケンが大剣を押し戻した。
そこから始まるニンジャスレイヤーの猛反撃。聖なるヌンチャクの無慈悲な連続打擲の前に、
ついにダークドメインは爆発四散するのであった。

大イクサを終え、その場を離れるニンジャスレイヤー。
だが彼の胸中を占めるのは数々の謎と仲間である二人、シルバーキーとタカギ・ガンドーの安否だった。

そして舞台はキョートに移る。

琵琶湖に沈みゆく男の影……。その影こそ他ならぬガンドーだった。
水底に沈むガンドーの思考は入り乱れ、とある過去の事件へと流れていく。
かつての助手、シキベ・タカコ、怪盗スズキ・キヨシ、その怪盗の捜索を依頼してきた正体不明の富豪……。
この過去の事件がガンドーにもたらしたものとは？　何故、今、琵琶湖に沈みつつあるのか？？
ガンドーの死はニンジャスレイヤーの復讐劇に如何なる影響をもたらすのか？？？