産業革命の波が押し寄せ、近代へと移り変わった時代。不死の怪物“カバネ”に世界は覆い尽くされ、極東の島国“日ノ本”は、各地に築いた“駅”と呼ばれる砦に閉じ篭もり、装甲蒸気機関車“駿城”で行き来することで生き延びを図っていた。暮らしていた“顕金駅”がカバネの大群にのまれ、カバネと人の狭間の存在“カバネリ”となった少年“生駒”は、カバネリの少女“無名”や駅の生存者たちとともに駿城“甲鉄城”に乗り込み、幕府最大の要害“金剛郭”に向かう。内部対立やカバネリへの疑念を乗り越え、ひとつにまとまった甲鉄城は、顕金駅を出てから初めて人の暮らす駅“倭文駅”に辿り着く。そこで生駒は久しぶりの平穏を味わうのだが...。