용천부사 허륜과 손 씨 사이에서 태어난 허준은 어머니가 종인 탓에 천시받으며 자랐다. 인생을 다시 시작하기 위해 경상도 산천으로 가 당대의 명의인 유의태에게 의술을 배우고 스승을 뛰어넘는 의원이 된다. 출신으로 인한 제약에도 불구하고 선조의 눈에 든 허준은 어의가 되고, 임진왜란 속에서도 목숨을 걸고 의서를 피난시킨다. 평안도 일대에 발생한 흑사병 소식에 허준은 가족과 제자의 만류에도 출행하여 많은 사람을 구하고 그곳에서 숨을 거둔다. 뒤늦게 허준의 사망 소식을 들은 조정은 허준의 묘 앞에 환수했던 보국승록대부와 양평군의 작호를 내린다.