未知なる世界には、素晴らしい宝物が眠っている―。そんな言葉を残して消えた祖父を探すため、人口300人の孤島、東京都御蔵島から渋谷へとやってきた御蔵美波。都会で途方に暮れる美波を助けたのは、東京を守る魔法少女、小張凛。「...こんなに広い東京の真ん中で、あたしたち魔法少女が巡り会うなんて!」経験は浅いながらも、美波もまた、御蔵島の加護を得てご当地を守る魔法少女だった。凛の協力を得た美波は、50年前の地下鉄路線図を手掛かりに祖父を探しを始めるが、やがて二人は何かに導かれるように地下廻路へと迷い込んで行く。東京を守りたい―その想いがひとつになったとき、少女たちの絆がかつてない魔法を発動する!そして魔法少女は、かけがえのない宝物を手に入れる―。