ミクロイドのヤンマ、マメゾウ、アゲハの三人は、中学生のマナブ少年に助けられたが、ついにギドロンたちは昆虫たちを駆使して人間を襲う計画を推し進め、島国・日本を手始めに侵略しようとしていた。マナブの父にして世界的生物学者・美土路博士は虫の来襲を避けるために飛び込んだモーテルに、居合わせた客たちと共に立てこもるが、極度の緊張の中、客たちの間でもいさかいが起こり始め…。