兄のルルーシュと離れ離れになってしまったナナリーは、自ら志願し、総督となってエリア11の地に降り立った。ナナリーは“優しい世界”を作るため、まずは姉のユーフェミアが行おうとし、虐殺という悲劇の元となってしまった、日本人に自主統治を認める「特区・日本」の再建から始めようと行動を起こす。しかし、そんなナナリーの思いを踏みにじるかのようにゼロ率いる黒の騎士団が...!?人気アニメ「R2」ノベライズ第二弾。