音信不通となったテラフォーミングコロニー「リム」の調査部隊として派遣されたウィルクスは、そこで唯一の生存者である少女ビリーを発見する。コロニーはエイリアンの巣窟と化し、戦闘を余儀なくされた部隊は、その大半を失うも、辛くも逃げ切った2人は地球に帰還する。しかしエイリアンの残した爪跡は、その後の2人を深層心理から蝕んでいった。それから数年後、地球軌道上に漂流していた貨物船ジャンケット号を調査するために向かった湾岸警備隊の船が自爆するという事件が発生する。データレコーダーに残された映像からエイリアンの可能性が浮上したことで、ウィルクスは植民地海兵隊から召喚される。ウィルクス、ビリー、2人の止まっていた運命の針が今再び動き出す。