あなたは、そこにいますか―謎の問いかけとともに襲来した黄金色に輝く敵、フェストゥム。平和そのものに思われた竜宮島の生活は、実は偽りのものだったのだ。島の真実が明かされるとき、少年、真壁一騎は人型巨大兵器ファフナーに乗る―。人気テレビアニメを、シリーズ構成、脚本を手がけた冲方丁自らがノベライズ。アニメでは描かれなかった一騎、総士、真矢、翔子それぞれの秘められた思い、そしてファフナーとフェストゥムの戦いを冲方丁ならではの筆致で描く、もうひとつのファフナーが登場。