「この街を、海にする。汚れきった街に本当の美しさを教えてやる。人間は所詮クズでしかないのだ...」。新宿の夜空に、人喰い鮫が襲来し、銀色の顔をした男が跋扈する。彼らの真の狙いとは何なのか?迎え撃つ壮助、謙太郎、響子ら新宿少年探偵団の面々の心にも、事件の推移とともにさざ波が立ち始める。