再び戦乱の渦に呑まれた世界。地球連合軍の圧制に抵抗するレジスタンスたちを支援するためミネルバは、ユーラシア西部を目指す。一方、ザフトに復隊したアスランはミネルバに合流するためオーブを目指すが──。