ついにメタルウィルスの脅威は消え去った…が、ソニックも一緒に消えてしまった！しかしソニックの安否を心配できるのも束の間。ソニックの仲間たちは、まだ諦めぬザボックに怪しい動きを見せるDr. エッグマン、そしてメタルウィルスが残した深い傷跡の復興治癒で手いっぱいになっていた。

それぞれの形でソニックの消失と、メタルウィルスからの復興に向き合うエミー、テイルス、シャドウ、シルバー…ソニックのいない隙に、次なる作戦の実行に移るDr. エッグマン…そしてまたもや厄介事に巻き込まれたソニック！

ビッグ・ザ・キャットやカオティクスを主役とした短編外伝集も収録！