各地に落下したクリプトナイト隕石の調査を行うバッドマンは、海中で不思議な宇宙船を発見する。所属不明のその機体に刻まれた文字は、滅亡した惑星クリプトンのものだった。一方その頃、街角では全裸の少女が騒動を巻き起こしていた。弾丸を跳ね返し、空を飛ぶ彼女の正体とは?スーパーマンの故郷クリプトンにまつわる謎に挑むスーパーマン&バットマンは、思いもかけない強敵と対峙する事になる。好評の人気コンビ、シリーズ第2弾登場!