多々羅醇堂は遠山金四郎の命を受けて江戸の闇を暴く影隠密。得意の忍術を駆使して難事件の数々を解決する。人気シリーズ第二弾は、シーボルト事件の謎に迫る...。向島と品川の沖で見つかった男女二人の変死体の謎を調べるうちに肥前屋源右衛門という旅篭の主人が浮かび上がってきた。この男、シーボルトが日本地図など国外持ち出し厳禁の物品を所持していた事件に連座しながらも、お咎めなしを受けた疑惑の人物だった。そんな折り、彼の屋敷を舞台に孤高の兵学者、そしてその美貌の娘が行方不明になっていることがわかった...。