女海賊の隠された財宝をめぐる大活劇！

300年前にふたりの女海賊が財宝を残したという伝説が残る神海島（こうみじま）。
その財宝の一部が発見されて観光客やお宝を狙うトレジャーハンターで賑わう中、バカンスで神海島を訪れたコナンたち一行。
コナンたちが宝探しゲームを楽しんでいるうちに、トレジャーハンターを狙った殺人事件が発生。別の事件を追っていた目黒警部たちも合流して捜査が始まった。
さらに観光館に展示されていた海底宮殿で発見されたお宝が盗まれて、事態は一気に動き出す。
殺人事件の真相と女海賊が隠したお宝の行方は…？