微生物研究所が武装グループに襲撃され、殺人バクテリアが盗まれた。翌日、テロ組織『赤いシャム猫』から、「殺人バクテリアを手に入れた。7日以内に次の行動を起こす」との犯行声明が出された。『赤いシャム猫』の犯行予告日、鈴木次郎吉の招待を受けたコナンたちを乗せた飛行船が、大阪に向けて離陸した。その時、『赤いシャム猫』から次郎吉に「殺人バクテリアを船内にばら撤いた」との電話が入り!?―。