失われた「器」を捜すため、謎の組織「殻」が動き出した。その頃、ボルトはナルトと忍組手を行うが、ナルトの右手には科学忍具が使われており…。憤慨するボルトだが新たな任務を課せられ!? 厄災が再び迫る!!