南の島を訪れたケロロと冬樹たち。しかし突然襲ってきた謎の生物によって、夏美が海へとさらわれてしまった!深い海の底で夏美を迎えたのは、メール王子とマール。メールたちは夏美をプリンセスとして迎え入れ、故郷の水の惑星マロン星と同じように地球を丸ごと海に変えようとしていたのだ。果たして地球の運命は!?超劇場版ケロロ軍曹2、今度は深海で大暴れ。