ケロロたちの前に、最強の敵が現れた!姿はケロロそっくりだが、ケロロと違って迅速かつ冷徹に地球侵略を企てる“ダークケロロ”だ。彼はシヴァヴァ、ドルル、ミルルという優秀な部下を引き連れ、世界各地で侵略を開始する。それを迎え撃つケロロ小隊の運命は!?超劇場版ケロロ軍曹3、今度は天空で大暴れ。