突如として現れた“大亀裂”によって引き裂かれた“人類の帝国”。しかし惑星間通信と“歪み”航行を取り戻した人類は、復活した“総主長”ロブート・グィリマンの指揮するインドミトゥス征戦軍により、散り散りとなった帝国惑星の再統一を進めていた。“総主長”の“遺伝種子”から創り出され、古の技術の粋を集めたパワーアーマーをまとった超人的戦士スペースマリーンたちが、人類を脅かす“異種族”や邪神を崇拝する反逆者のスペースマリーンと戦いを繰り広げ、数々の伝説が生まれていった。そんな中で、新たに投入された新種の戦士、プライマリス・ウルトラマリーンの攻撃艦船1隻が“歪み”の嵐に巻き込まれて漂流。征戦軍と再び合流するため、戦艦を修理するべく立ち寄った惑星で彼らが目にしたものとは...。