個人の自由を制限する超人登録法は、合衆国建国の理念に反する。その信念の下に政府に弓を引いたアメリカの象徴、キャプテン・アメリカ。反逆者の烙印を押されながらも己の道を貫く彼の言動は、その周囲の者達の運命をも大きく捻じ曲げていく。キャプテンが愛した女諜報員、エージェント13ことシャロン・カーター。かつてキャプテンと共に戦い、暗殺者として死の淵より甦ったウィンターソルジャーことバッキー・バーンズ。それぞれのシビル・ウォーの行き着く先とは...。君はどちらに付く?