人類の植民惑星を無慈悲に容赦なく蹂躙していく“コヴナント”軍の前に、偉大なる英雄“スパルタン‐117”マスターチーフが立ちふさがった。チーフとAIコルタナ、そして最後に残ったスパルタンたちは、二手に分かれて彼らを食い止めようとする。マスターチーフは敵戦艦を攻め立て、ついにハイジャックに成功する。しかし、そこでUNSC(国連宇宙司令部)の想定した最悪の事態が現実のものとなってしまったことを知った。コヴナントが母なる“地球”の位置を突き止めたのだ。さらにコヴナントは人類を滅ぼすため、大艦隊を整えていた。もう一方の残されたスパルタンとキャサリン・ハルゼイ博士はコヴナントの軍勢に抗いながら“惑星リーチ”の地下へと進む。そこで博士たちは、偶然にも戦闘の流れを変えうる古代文明の遺産を発見する。伝説的SFゲーム1作目と2作目を繋ぐ反撃の物語。