地球規模の大災害が発生し、大地の10%余りが海底に沈んでしまった世界。海に沈んだ国家機密や文化遺産を回収するスペシャリスト―サルベイジャーとして活躍していたアイカこと皇藍華は、ある日町で絡まれていた黒髪の少女を助ける。自分のことを「神様」と称するその少女・ヒミコは、なぜかアイカのことを気に入り、親が理事長を務める幻都女学園という学校への潜入捜査を依頼してきた。内容は行方不明の友人を探すこと。そして、幻都女学園はなんと海の底にあるらしい...!?大人気アニメスピンオフストーリー、女の子ばかりの学園が舞台のミッション・スタート。