オレはマコト。立ち入り禁止地区、シンジュクの治安維治を担当する第三機動衛士隊、通称、華の第三機の衛士サマだ...まだ新米だけどな。ちなみに性別は女。バカな男どもは、旧世界と一緒にきれいさっぱり滅んじまった。このシンジュクも、昔は繁華街だったらしいが今じゃ遺伝子異常の化け物が潜む緑の樹海だ。作戦中にオレは、不思議な少女と出会った。ユキと名乗った彼女は、オレたち人間はそのうち滅ぶ運命にあるなんてぬかしやがる。ふざけんな!どこのどいつが決めたか知らねえが、どっこいオレは生き抜いてやるぜ!少女たちの絶望と希望が交錯する近未来サバイバルバトル。