バットマンに復讐心を募らせる悪の天才科学者・イソップ博士は、究極のドローンによって世界征服を企んでいた。これを阻止しようと博士のアジトを急襲したバットマンだったが、迎え撃つドローン軍団に瀕死の重傷を負わされてしまう。一方のスーパーマンは、このアジトに幽閉されていた少年とその母親を救出、ヒーローとして喝采を浴びるが...。影に生きるダークナイト・バットマンと、スーパーヒーロー・スーパーマン。互いに譲れぬ正義をかけた世紀の戦いが幕を開ける。