朝倉都知事が開通式に出席する地下鉄線のトンネルが爆破された。これは朝倉都知事を恨む者による犯行なのか。鍵を握るのは朝倉都知事が国土交通大臣だった頃に建設したダムだと睨んだコナンは、ダム建設のため湖に沈められ、移設された村を訪れる。その翌日、村では転落事故により8年間意識を失っていた少年が目を覚ます。彼の名は冬馬。はたして冬馬の事故と、地下鉄爆破事件には何か関係があるのか?―。