ガルマが死にシャアが消えた、その後の北米にて──。
宇宙世紀0079。地球連邦軍所属の兵士・ナナオは、着任を前に行方不明となった新隊長の行方を捜していた。その名は“レオ・バルナーク”。ジオン勢力圏へと不時着してしまった彼は、一体どこへ──。危険を冒して新隊長の行方を追うナナオたち小隊メンバーだったが、ジオン軍と会敵、絶体絶命の窮地へと追い詰められる。しかし、そこに現れたのは──!? 本格一年戦争ミリタリー開幕!!