ブルックリンの私立校に通う内気な少年マイルス・モラレスはある晩奇妙なクモに噛まれて特殊な能力を得る。マイルスは殺害されたスパイダーマンの遺志を継ぎスパイダーマンになる決意をしたものの、自信がもてずにいた。そんな彼の前に、異次元から来た別のスパイダーマンが現れる。キングピンが時空をゆがめたことでマイルスの世界にやって来たピーター・Bは、この次元に長く滞在できない存在だった。さらに別の次元から来た4人のスパイダーマンと出会ったマイルスは、この世界を救い、元の次元にほかのスパイダーマンを送り返すべく、キングピンに立ち向かうが―!?