草木に覆われた、遠い未来の世界。そこでは植物が既存の生命も文明も全てを呑み込み、新しい生態系が生まれていた。
　なかでも「花人」はその最たるものである。花人はかつて存在した「人」に似た姿で「花」の特性を持った新しい生命で、旧文明の遺跡を発掘しながら独自のコミュニティを築いていた。
　そんな世界で目を覚ました少女・ハル。記憶を失った彼女はこの世界で唯一の人間として花人たちと交流を深めていくのだが、外の世界を知ろうとするハルと、花園を守る役目を負った花守のアルファは衝突してばかりで……。
第一部　エウレーカ
第二部　レーテー
終章　エレウテリア