舞台は2022年の日本。政府が人間と「カイジン」の共存を掲げてから半世紀を経た混沌の時代。カイジン差別撤廃を世に訴える中学生・和泉葵は一人の男と出会う。
彼の名は、南光太郎。彼こそは次期「創世王」候補、「ブラックサン」と呼ばれる存在であった。
半世紀の歴史に隠され続けた、創世王とカイジンの真実。
そして、その間幽閉され続けたもう一人の創世王候補、秋月信彦＝「シャドームーン」。
3人の出会い・再会は、大きな時のうねりとなって人々を飲み込んでいくーー。
第一部　黒の黎明
第二部　銀の黄昏