母親を亡くしたばかりの透は、夏のある日、緋島の海岸で赤く光る石にのった卵を見つけた。手に取ると、卵が割れ中から小さな亀のような不思議な生物が現れた。透はトトと名づけ、飼うことに。急速に成長するトトを見た幼馴染の麻衣は、透に三十三年前に人間を救ってくれたガメラの話を告げる...。映画『小さき勇者たちガメラ』の原作として書き下ろされた、心の奥底を締めつける愛と絆の物語。