ブラックホールにメタルグレイモンとともに吸いこまれた太一。それから三ヶ月がたった頃、残された6人は敵デジモンにふりまわされ、バラバラになっていた。一方、ブラックホールを抜けた太一は、なぜかもとの世界に戻っていて、デジモンが他の人には見えないことを知る。ところが妹のヒカリには見える上、デジタルワールドの存在を知っていて...。