西暦二一〇〇年代、人々の行動すべてが管理された街「レスポンド・シティ 」にて、七瀬優（ナナ）は政府情報機関の職員として日々を過ごしていた。ある日、連絡が途絶えた兄・七瀬航の行方を調べるため市民のデータベースにアクセスしたナナは、そこに兄の痕跡がまったくないことに気付く。一方、政府にとって都合の悪い市民のリスト「適応指数異常記録」には、驚くほど兄のものと一致した別の人間のデータがあった。政府の秘密に触れてしまったナナは追われる身となるが、夜の街でフードを被った男・亮と出会い……。レジスタンス組織「ノクタ・ルーモ」の一員となったナナは、果たして兄を見つけ出すことができるのか？