ウィルスによる突然変異によって高度な知能を得た猿たちの反乱、人類が築き上げた文明社会の崩壊、猿と人類の戦争の勃発―猿と人類が全面戦争になだれ込んでから2年が経った。猿の群れを率いて森の奥深くに秘密の砦を築き上げたシーザーが、冷酷非情な大佐の奇襲によって家族を殺され、悲しみのどん底に突き落とされる。大勢の仲間を新たな隠れ場所へ向かわせ、復讐の旅に出たシーザーは、その道中に口のきけない人間の少女と出会う。やがて大佐のアジトである巨大要塞にたどり着くシーザーだったが、復讐の念に取り憑かれて我を見失った彼は、猿の存亡さえも脅かされる絶体絶命の危機を招いてしまう...。