サトシとピカチュウ、アイリス、デントたちはローシャンを目指す旅の途中で傷つき倒れているポケモンをみつける。それは、幻のポケモン・ケルディオ。世界やポケモンたちを守っている“聖剣士”と呼ばれる3体のポケモンたちの後継者ともいわれているポケモンだった。サトシたちとの出会いを経てケルディオは、キュレムによって氷づけにされた仲間の聖剣士を救い出そうと再び勇気をふりしぼる。はたしてケルディオは、真の聖剣士となって仲間たちを救い出すことができるのか...。