西暦2059年。マクロス・フロンティア船団は人気歌手シェリル・ノームの公演に沸き立っていた。パイロットを目指す早乙女アルトと歌手を夢見るランカ・リーも、シェリルのライブに魅了される。だがそこに謎の宇宙生物バジュラが襲来。民間軍事会社S.M.Sの新型バルキリーによって何とか撃退するも、シェリルの来訪とバジュラ襲来の奇妙な一致を怪しんだ政府は彼女にスパイ疑惑を向け!?劇場版のストーリーを完全ノベライズ。