夏美のアイスを“盗み食いした”というヌレギヌを着せられてしまったケロロは、真犯人を見つけ出すべく『ケロロ少年少女探偵団』を結成。ところが捜査を開始しようとした探偵団に、謎の怪盗800面相から「東京タワーはいただくよ」という挑戦状が舞い込んだ!ケロロたちは東京タワーを守れるのか!?そして真犯人は...誰!?ケロロ軍曹小説第2弾、今度はミステリーだ。