Hernando Colón dedicó los últimos años de su vida a elaborar la biografía de su padre y la historia de sus viajes. La Historia del almirante don Cristóbal Colón no se publicó en vida de Hernando Colón. El manuscrito pasó a María de Toledo, su cuñada, la esposa de Diego Colón. Más tarde Luis Colón (hijo de Diego) lo entregó al genovés Baliano de Fornari. Este lo llevó a Venecia, donde fue impreso en 1571, con el título de Historie del S. D. Fernando Colombo; nelle s'ha particolare et vere relatione della vita e de fatti dell'Almiraglio D. Christoforo Colombo suo padre. El retraso en su publicación se debió, probablemente, a las fuertes críticas que vertió hacia los españoles que participaron en las expediciones de conquista tras el viaje de su padre. La Historia del almirante don Cristóbal Colón contiene un relato detallado de las expediciones de Colón y del descubrimiento de América. Sin embargo, su principal interés radica en la información geográfica y antropológica que proporciona sobre las tierras americanas, extraída de los propios escritos del almirante. Es polémica la autenticidad de esta biografía de Cristóbal Colón. Unos historiadores defienden la autoría de Hernando y consideran sus inexactitudes históricas resultado de los despistes o fallos del traductor. Otros opinan, incluso, que no fue escrita por Hernando Colón.