亡き母を生き返らせようと兄弟が犯した錬金術、最大の禁忌「人体錬成」。その代価としてエドは左脚を、アルは身体全部失った。全てを取り戻すため国家錬金術師となったエドは「賢者の石」を探し求めアルと共に旅に出る。綴命の錬金術師ショウ・タッカー、ハクロ将軍やドクター・マルコーとの出会い、謎多きホムンクルスと繰り広げられる死闘。そして「賢者の石」の真実とは―。実写映画「鋼の錬金術師」をノベライズ!映画のストーリーを軸とした、もうひとつの物語。