3年前、ひとつの都市が忽然と消えた。運び屋のタクヤと、消滅した都市‐ロスト‐から唯一生還した謎の少女ユキ。二人は、消息を絶ったと思われていたユキの父親からのメッセージを頼りに、ロストの中心部へと向かう旅をしていた。ロストをめぐり、ツキやタイヨウをはじめとする研究者たちや、消滅に巻き込まれ亡くなったユキの弟・ソウマらのタマシイとの戦いの末、辿り着いた先に待ち受けていたのは、ロストを引き起こした核(コア)と融合し、変わり果てた姿になったユキの父親だった―。あれから数日。空から石灰が舞い落ちる世界で、タクヤとユキは、ふたたび旅に出ようとしていた...。人気スマホゲーム公式ノベル化!消滅から始まる「もうひとつの物語」。