木ノ葉の里を突如として襲った、謎の忍者集団、空忍!ナルトたちは医者・神農とその弟子・アマルとともに、被害にあった村を目指すが、謎の遺跡で邪悪なチャクラに遭遇!絶体絶命のピンチに、サスケが姿を現した!彼の目的とは!?ナルトとサスケの運命が動き出す。