カービー・プラザの爆発から4ヵ月。カイトとアンジェラのもとに殺害予告のメッセージが届く。クレアは偽名でカリフォルニアの高校へ転入、ベネットはコピー店で働きながら「組織」の壊滅を図る。中米ホンジュラスでは、呪われた能力を持つマヤが双子の弟とともに米国を目指していた。一方、1671年のキョウト郊外にテレポートしてしまったヒロはケンセイと出会うが、彼は伝説のヒーローとはほど遠く...。新シーズン第1弾。