グリーン・ゴブリン、ドック・オクとの死闘を制したピーター・パーカーは、スパイダーマンとしてニューヨークの人々を守る日々を送っていた。だがある日、謎の黒い液状生命体がとりつき、漆黒のスパイダーマンとして目覚めたピーターは、制御できない怒りに戸惑う。ニュー・ゴブリンと化した親友ハリー、伯父さん殺しの真犯人サンドマン、さらに最凶の敵ヴェノムが出現。はたして彼は愛するものを守れるのか。