近未来、人類絶滅を宣言した天才科学者・ゾーンダイクは、禁断の「世界システム」の封印を解こうとしていた。超国家組織「青」はゾーンダイクの基地「ポール・ベース」を破壊しようとする作戦を開始した。人類の存続をかけた最後の戦いへと、最強潜水艦「6号」が出撃する。大人気海洋アクションOVAの小説版、ここに完結。